עבירות רבות בצה"ל הן עבירות הנושאות רישום פלילי. עבירות אלה כוללות גם עבירה של היעדר מן השירות ללא רשות – עריקות בלשון העם, עבירות סמים (למעט סירוב להיבדק לגילוי שימוש בסמים מסוכנים), שימוש בלתי חוקי בנשק ועוד.

חשוב לציין כי נאשמים בעבירות שנושאות רישום פלילי רשאים לפנות לפרקליט הצבאי שהגיש את כתב האישום בבקשה להמיר את סעיף האישום בסעיף שאינו נושא רישום פלילי, כאשר יש נסיבות מיוחדות המצדיקות זאת.

סניגור צבאי שמודע לחשיבות סוגיית הרישום הפלילי והשלכותיה, יצליח לשכנע את הפרקליט הצבאי המקבל את ההחלטות להגיש כתבי אישום, להימנע מרישום פלילי.

הדרך לעשות כן היא לשכנע את הפרקליט להחליף את סעיף האישום המקורי בכתב האישום בסעיף אחר, שמשמעותו דומה אך הרשעה בו אינה כוללת רישום פלילי. כך למשל, חייל המואשם בהיעדר מן השירות בלא רשות (עריקות) אפשר שיורשע בעבירה של התנהגות מבישה, עבירה שההרשעה בה אינה גוררת רישום פלילי.

חשוב לציין כי עורך-דין המתמצא בהליכים המשפטיים בצבא, יכול לסייע רבות לחייל בשרות סדיר או מילואים שאינו מבין את ההליך המנוהל כנגדו או מתקשה להתמודד איתו.

בית דין צבאי הנו בית משפט פלילי הדן חיילים או מי שהיו חיילים בעת שביצעו עבירות, בעבירות אשר לרוב יש להן זיקה לצבא. מערכת בתי הדין הצבאיים מורכבת מבתי דין מחוזיים, ובית דין צבאי לערעורים.

העבירות הנפוצות הנידונות בבתי הדין הצבאיים הן עבירות סמים, עבירות מין והטרדה מינית, וכן עבירות שונות הייחודיות לצבא, כגון עריקות, השתמטות, הוצאת רכוש מרשות הצבא וכו'. כמו כן, ישנו בית דין צבאי לתעבורה הדן בעבירות תעבורה מסוימות.

בית דין צבאי יונק את סמכות השיפוט שלו מחוק השיפוט הצבאי (חש"צ ) תשט"ו- 1955, המסמיכו לשיפוט פלילי של החיילים הנתונים למרות הצבא בעבירות צבאיות המנויות בחש"ץ וכן בשאר העבירות הפליליות שבחוק.
כמו בבתי המשפט הרגילים, גם בבתי דין צבאיים לנאשם יש זכות להיות מיוצג על ידי עורך דין (סנגור) הממונה מטעם הסנגוריה הצבאית או באמצעות עורך דין אזרחי בעל אישור הופעה בפני בתי דין צבאיים, לאחר שאושר על ידי ועדה שתפקידה לכך.

על פי חוק נמצאים תחת סמכות בית הדין הצבאי חיילי צה"ל וגם אזרחים הנמצאים תחת מרות המשמעת הצבאית, כגון אזרחים עובדי צה"ל (אע"צים), חיילי מילואים וכד'.

בבית הדין הצבאי המחוזי, אב בית הדין (אב"ד) יהיה תמיד שופט צבאי-משפטאי (משפטן בשירות סדיר או מילואים), שני השופטים הנוספים - "שופטי צד" (במקרים בהם נדרש הרכב של שלושה שופטים) הינם קצינים בדרגת סרן עד סא"ל מיחידות אותו מחוז שיפוט שבד"כ חסרי הכשרה משפטית.

שופטים אזרחיים רבים משמשים כשופטים צבאיים-משפטאים במילואים והם מקבלים דרגות קצונה יצוגיות (רס"ן עד אל"מ).

הרשעה בבית הדין הצבאי עלולה לשאת עימה גם רישום במרשם הפלילי האזרחי. בעוד שבבתי המשפט האזרחיים, מסורה לשופטים הסמכות לקבוע שהרשעה בעבירה תישא רישום פלילי מופחת וזאת באמצעות מנגנוני אי-הרשעה, לבתי הדין הצבאיים אין סמכות חקוקה שכזו, וזאת בשל היעדר מסגרות שיקום בצבא.

בעבר, נקבע בבית הדין הצבאי כי לבית הדין הצבאי אין סמכות להמיר את סעיף העבירה המיוחס לנאשם ולקבוע כי העבירה לא תישא רישום פלילי, גם אם הוא סבור שכך צודק ונכון לעשות. סמכות זו, כך קבע בית הדין, נתונה לתביעה הצבאית בלבד.

בית המשפט העליון אימץ קביעה זו, לפיה ההחלטה אם להגיש כתב אישום, הנושא רישום פלילי, נמצאת אך בידי התביעה הצבאית.

במספר הזדמנויות נטען בפני בתי הדין הצבאיים, כי יש בסמכותם להמיר את סעיף האישום לסעיף אישום ללא רישום פלילי, על פי דוקטרינת "ההגנה מן הצדק" אולם לא ניתנה עד כה כל החלטה של בית הדין לערעורים, או של בית המשפט העליון, המאשרת סמכות זו.

ריצוי עונש שנגזר בבית דין צבאי נעשה לרוב בבית סוהר צבאי. במקרה של מאסר לתקופה ארוכה (לפחות עשרה חודשים), מתכנסת ועדה שיכולה להעביר את הכלוא לריצוי עונשו בבית סוהר אזרחי.

חשוב לציין כי עורך-דין המתמצא בהליכים המשפטיים בצבא, יכול לסייע רבות לחייל בשרות סדיר או מילואים שאינו מבין את ההליך המנוהל כנגדו או מתקשה להתמודד איתו.

אם חלילה הסתבכתם בפלילים חשוב שתמנעו מהדברים הבאים:

1. אל תחקרו מבלי להיוועץ בעורך דין

2. אל תנהלו שיחות שאינן קשורות לחקירה עם שוטרים

3. אל תשבשו הליכי חקירה ואל תפרו תנאים

4. אל תנהלו את ההליך הפלילי ללא אסטרטגיה ברורה

5. אל תזלזלו בהליכים המשפטיים

אם נעצרתם או אחד מבני המשפחה. תחילה עליכם לדעת כי במשפט אם יוחלט להורות על שחרור, ברוב המקרים יתבקש ערב ו/או מפקח.

על המפקח להיות ללא רישום פלילי.

על המפקח, לדעת כי עליו לפקח על החשוד, ועליו להודיע למשטרה אם החשוד מפר את התנאים שנקבעו.

אם נתבקשתם להגיע לחקירה עדיף תחילה להתייעץ עם עו"ד.

אם אינכם יודעים על מה אתם אמורים להיחקר, אז מומלץ לפני שאתם מתחילים בחקירה לשאול את החוקר במה אתם חשודים ותבקשו להתייעץ עם עו"ד.

ואם אין לכם עו"ד אז תבקשו סנגור מאת הסנגוריה הציבורית.

לכל נאשם יש זכות לעיין בכל חומר החקירה.

אין להשיב לאשמה בלא שתחילה עיינתם בחומר. הודאה באישום בלא שניתנה הזדמנות לעיין בחומר הינה חסרת אחריות.