טיפול שורש מבצעים כאשר העששת (החור) הגיעה עד לחלק הפנימי ביותר של השן, שמכיל עצבים וכלי דם, ונקרא "מוך", ואי אפשר להסתפק בסתימה רגילה, כיוון שכל המוך מזדהם, כולל החלקים שמגיעים עד לקצה השורש. משם הזיהום יכול לעבור מעבר לשורש ואל עצם הלסת, ולגרום לנפיחות גדולה, הפרשת מוגלה וכאבים עזים.

בטיפול שורש בשלב א' מוציאים את המוך המזוהם, ובשלב ב' מבצעים את סתימת השורש, שתמנע מהחיידקים לחדור אל הגוף דרך שורש השן.
לפעמים מחלקים את הטיפול לשלבים נוספים, ולא כל טיפול נגמר בפעם אחת.